Parafia mościska jest najstarszą w dawnej archidiecezji przemyskiej, do której należała do roku 1991. Powstała w 1404 roku, uposażona przez Władysława Jagiełłę. W tym samym roku powstał drewniany kościół parafialny. W 1489 roku został on spalony podczas napadu przez Tatarów. Nowy kościół murowany był wznoszony ok. 1588 roku przez miejscowego proboszcza Bartłomieja z Rohatyna. W 1604 roku dokonano poświęcenia i konsekracji kościoła. W 1648 roku kościół został zrabowany i spalony przez Kozaków. W 1656 roku bp. przemyski Andrzej Trzebicki po odnowieniu kościoła dokonał rekonsekracji. Pod koniec 1885 roku wybuchł nieznaczny pożar dachu.
W latach 1902-1903 prepozyt mościski, ks. Alfred Białogłowski przeprowadził odnowienie kościoła, dekoracji malarskiej dokonał Julian Kruczkowski. W 1904 roku przeprowadzona została wizytacja parafii przez sufragana przemyskiego bpa Karola Fischera. W czerwcu podczas I wojny światowej kościół został uszkodzony. W 1916 roku władze austriackie zarekwirowały dwa dzwony, pozostawiając jeden z roku 1550.
W latach 1927-29 wzniesiono nową plebanię na zachód od kościoła. Wikarówka na wschód od kościoła pochodzi z I połowy XIX w. Po II wojnie światowej władze ówczesne po śmierci ks. Edwarda Saletnika (14.01 1967 roku) zarekwirowały mienie kościoła: obydwa budynki, plebanię i wikarówkę. Od 2.02.1967 roku do 1984 roku parafię prowadził kapłan z Łotwy ks. Kazimierz Mączyński.
W kościele zostało zainstalowane elektryczne światło, gaz i wodę doprowadzono do górnej zakrystii, usunięto deski z posadzki kościoła, olejową farbą wymalowano wnętrze kościoła. Od 1984 roku do 2009 roku pieczę nad kościołem sprawował ówczesny proboszcz ks. Józef Legowicz. Pod koniec lat 80 XX stulecia wnętrze kościoła ponownie wymalowano, usunięto szkodliwe dla wnętrza farby olejowe, wyposażono wnętrze w nowe ławki dębowe, w oknach powstały witraże, ustawiono ambonkę i ołtarz według odnowy soborowej liturgii, zamieniono ołtarzową nastawę głównego ołtarza i wyzłocono tabernakulum. Wybudowana została nowa piętrowa plebania koło dzwonnicy z salkami katechetycznymi, wokół kościoła wyłożone zostały aleje z trwałego materiału, wybrukowano plac przed plebanią, nałożono nowe tynki elewacyjne na zewnątrz kościoła oraz akrylowe farby, posadzono krzewy iglaste. Na placu kościelnym ustawiono grotę Matki Bożej z Lourdes i pomnik Jana Pawła II.

Historia kościoła p.w. Matki Bożej Nieustającej Pomocy i św. Katarzyny Aleksandryjskiej

Klasztor dominikanów w Mosciskach został ufundowany w roku 1404 przez króla Władysława Jagiełłę. Kościół pod wezwaniem św. Katarzyny zbudowano w 1343 roku. W 1705 roku został przebudowany przez dominikanów. W 1788 roku cesarz austriacki Józef II skasował zakon dominikanów. W tymi czasie klasztor zamieniono na koszary wojskowe, a potem na więzienie. Sam kościół stał przez wiele lat pusty, a następnie służył jako skład siana. W 1858 roku miasto wykupiło od rządu oba te budynki, w klasztorze urządzono szkołę i urząd podatkowy. W 1862 roku utworzono komitet do spraw restauracji kościoła, który dzięki ofiarności społeczeństwa i wiernych w 1880 roku oddano do użytku proboszczowi mościskiemu ks. Romanowi Stojałowskiemu.
W 1881 roku dzięki staraniom o. Bernarda Łubieńskiego redemptoryści prowincji wiedeńskiej wykupili budynki klasztorne. 13 maja 1883 roku o. Antoni Jedek odprawił w kościele pierwszą Mszę Św., inicjując w ten sposób działalność oo. Redemptorystów w Mościskach. 8 września 1883 roku o. Bernard Łubieński wprowadza kopię obrazu Matki Bożej Nieustającej Pomocy, poświęconą przez papieża Leona XIII.
W 1900 roku podjęto prace przy rozbudowie i wyposażeniu kościoła. W tym czasie powstała wieża, gdzie umieszczono dzwony i zegar, oraz dobudowano boczne nawy. 25 marca 1902 roku bł. bp Józef Sebastian Pelczar konsekrował świątynię i dodał tytuł Matki Bożej Nieustającej Pomocy. Te wydarzenia upamiętnia tablica poświęcona 12 czerwca 1903 roku. W czasie drugiej wojny światowej część klasztoru zabrano na szpital. W nocy z 14 na 15 maja 1948 roku władze zaaresztowały wszystkich redemptorystów. Klasztor w całości przeznaczono na szpital, a kościół na magazyn. W 1991 roku odzyskano dwie nawy kościoła – główną i jedną boczną.
21 grudnia 1991 roku po wstępnym uporządkowaniu kościół został poświęcony przez biskupa Marcjana Trofimiaka. Podjęto gruntowny remont kościoła. Odzyskano trzecią nawę i główne wejście, które było zablokowane korytarzem szpitalnym. W 1996 roku odmalowano wnętrze, na miejscu starego głównego ołtarza, który uległ spaleniu, wybudowano nowy ołtarz. 28 września 1996 roku po 50 latach wygnania i tułaczki uroczyście wprowadzono obraz Matki Bożej Nieustającej Pomocy do świątyni przy udziale ks. abpa Mariana Jaworskiego ze Lwowa, bpa Bolesława Taborskiego z Przemyśla i bpa Kurta Krenna z Austrii.
W 1998 roku odbudowano kruchtę, a na frontonie umieszczono mozaikowy obraz Matki Bożej Nieustającej Pomocy. 27 czerwca 1998 roku rozpoczęła się peregrynacja obrazu Matki Bożej Nieustającej Pomocy (oleodruk z błogosławieństwem Jana Pawła II) w Mościskach. W 2000 roku ks. abp Marian Jaworski wyznaczył kościół klasztorny na świątynię jubileuszową. 25 czerwca 2001 roku obraz Matki Bożej Nieustającej Pomocy przedstawiono Ojcu Świętemu Janowi Pawłowi II w Katedrze Lwowskiej. 26 czerwca 2001 roku we Lwowie Ojciec Święty pobłogosławił korony dla mościskiego, cudownego obrazu Matki Bożej Nieustającej Pomocy. 8 września 2001 roku na stadionie mościskim odbyła się urooczysta koronacja obrazu Matki Bożej Nieustającej Pomocy, której dokonał ks. Kard. Marian Jaworski. 27 czerwca 2002 roku, w uroczystość Matki Bożej Nieustającej Pomocy, świątynia klasztorna została wyniesiona do godności Sanktuarium Maryjnego przez metropolitę lwowskiego ks. Kard. Mariana Jaworskiego. Dekret odczytał pomocniczy biskup lwowski ks.bp. Marian Buczek.